出生于灵媒师家族的女高中生·小桃（绫濑桃），与她同年级的超自然爱好者·超自然（高仓健）。小桃在超自然遭到班上同学欺凌时保护了他，两人以此为契机开始有了交流。“相信幽灵存在但否定外星人存在”的小桃，和“相信外星人存在但否定幽灵存在”的超自然争论不休。为了让对方相信外星人和幽灵的存在，小桃去了被称为UFO圣地的废弃医院，超自然去了闹鬼的隧道。在那里，他们遇到了无法理解的极其怪异的现象。在绝境中，小桃觉醒了体内潜藏的力量，超自然获得了诅咒之力，二人开始挑战接连逼近的怪异！也开始了命运之恋？

进次郎被噩梦所困扰，他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩